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如果您发现光大银行在没有短信通知的情况下直接扣除了年费，可以采取以下措施。
1、了解情况：确认一下是否确实存在未收到的短信通知的情况，以及确认是否确实被扣除了年费，可以通过查看银行账户交易记录来确认。
2、联系银行客服：如果发现确实存在问题，可以联系光大银行的客服部门，向他们说明情况并要求解释，客服人员会帮助您了解为何没有收到短信通知，并解释年费的扣除情况。
3、申请退款：如果确认存在误扣或其他不当情况，可以向银行申请退款，在申请时，提供相关的证据和资料，如交易记录、账户余额证明等，银行会根据情况进行审核处理。
4、投诉处理：如果与光大银行客服沟通后未能解决问题，您可以向银行投诉部门投诉，您可以向银行提供详细的投诉内容和相关证据，并要求银行给予合理的解决方案。
5、寻求监管机构的帮助：如果仍然无法解决问题，您可以向当地的银行业监管机构投诉，寻求帮助和解决方案。
如果您发现光大银行在没有短信通知的情况下直接扣除了年费，应该及时联系银行并寻求解决方案，建议您检查银行账户和交易记录，确保自己的权益得到保障。